Čihovice, původně Čejevice, patřily podle historických pramenů k obci Hněvkovice. Tato malebná víska byla již v berničním seznamu arcibiskupská panství z roku 1379 vedena jako výsluha hlídačů týnského hradu. V roce 1581 se zde nacházelo 6 sedláků, kteří měli 7 lánů. Prokop Čábelický jim pozemky odňal a zřídil z nich poplužný dvůr. Ať již jako poplužný dvůr nebo jako ves patřily Čihovice stále k týnskému panství.
V roce 1619 se tehdy královské město Týn postavilo na stranu vzbouřených stavů. Pro účast na stavovském povstání byly městu odebrány všechny statky a císař Ferdinand II je postoupil zpět do správy pražských arcibiskupů.
Toto se změnilo až s nástupem komunismu, kdy prosperující zemědělská usedlost byla násilně církvi odebrána a vznikl zde Školský podnik při Jihočeské univerzitě.
Po revoluci byl postupně přetransformován na zemědělský podnik Uniagra s.r.o. aby došlo v roce 1995 k jeho navrácení Pozemkovému fondu. V roce 1996 si levou část chátrajícího areálu pronajal soukromý zemědělec Jiří Netík, aby zde provozoval rodinnou farmu a pravou část pak Občanské sdružení Pomoc pro realizaci svých projektů
